On monta tapaa hoitaa yrityskaupan rahoitus. Yleisimmät tavat ovat yrityskaupan rahoitus ostavan yrityksen osakkeilla ja toisaalta yritys joukkovelkakirjojen myynti kaupan rahoittamiseksi.
Erittäin yleisiä ovat erilaiset hybridit oman ja vieraan pääoman eristä yritysoston rahoitukseen.
Näissä tapauksissa ostava yritys tyypillisesti antaa tietyn määrän käteistä ja osakkeita per ostettavan yrityksen osake.
Osakkeiden käyttö yrityskaupan rahoitukseen on yleinen varsinkin yhtiöissä joiden oma pääoma on noteerattu pörssissä, sillä tämä pörssikaupankäynti antaa näille osakkeille markkina-arvon, jonka perusteella yritys voi käyttää näitä osakkeita yrityskaupan suorittamiseen.
Rahoitusteoriassa on myös kehitetty teorioita joiden mukaan yrityskaupan rahoituksessa käytetään omia osakkeita varsinkin tapauksissa, joissa ostavan yrityksen johto pitää osakkeiden markkinahintaa yliarvostettuna, jolloin olisi loogista käyttää näitä osakkeita yrityskaupan maksuna.
Vieraan pääoman eli lainapapereiden käyttö on myös erittäin yleistä, varsinkin jos yritys on isompaa kokoluokkaa ja sillä on joustava pääsy halvoille vieraan pääoman markkinoille.
Osa yrityskaupassa luodusta arvosta saattaa juuri tulla siitä faktasta, että ostavalla yrityksellä vieras pääoma maksaa vähemmän, jolloin ostettavan yrityksen lainapääoman jälleenrahoitus tällä halvemmalla vieraalla pääomalla nostaa ostokohteen yritysarvoa, mahdollisesti merkittävästikin.
Pienempien firmojen yrityskaupan rahoitusmahdollisuudet ovat usein paljon kapeammat. Myös pienemmät osakeyhtiöt voivat käyttää osakkeitaan ostovaluuttana, mutta tällöin ongelmana usein on ettei yritys ole pörssinoteerattu, ja molemmat osapuolet joutuvat usein turvautumaan ulkopuolisiin yrityksen arvon määrittäjiin, joiden käyttö saattaa tulla kalliiksi suhteessa kaupan kokonaisarvoon.
Pienempien yritysten mahdollisuuksiin usein kuuluu myös pankkien käyttö lainapääoman nostoon yrityskauppaa varten. Ongelmana on tällöin se, että pankkien usein konservatiivinen näkemys yritysten arvosta ei usein tue ostavan yrityksen näkemyksiä luotavasta uudesta arvosta yrityskaupan myötä, joka saattaa johtaa lainarahoituksen jäämiseksi lyhyeksi suhteessa tarvittavaan kauppahintaan.
Yrityskaupan rahoitukseen voidaan käyttää myös huomattavasti eksoottisempia finanssi instrumentteja ja keinoja, varsinkin jos ostavan yrityksen osakepääoma on noteerattu pörssissä.
Osana kauppahintaa ostava yritys voi antaa erilaisia warrantteja, joiden arvo määräytyy, kuten optioiden, siitä mahdollisuudesta, että yhdistyneen yrityksen arvonnousu näkyy myös markkinoilla noteerattavassa markkinahinnassa tietyllä aikamäärällä.
Laina pääomasta omana eränään on hyvä huomioida ns. junk bondit, eli roskalainat, joiden nimitys tulee siitä että niiden luottoluokitus on alle investointitason, eli ne ovat luonteeltaan spekulatiivisia.
Näitä roskalainoja käytettiin varsinkin 80-luvulla erittäin laajasti juuri yrityskauppojen rahoitukseen varsinkin Yhdysvalloissa, mutta niiden suosio sijoittajien keskuudessa on sittemmin laskenut dramaattisesti.
Roskabondien käyttökynnys on nopeasti laajenevalle yritykselle usein joustavampi tapa saada käyttöpääomaa yrityskauppa kuin muut metodit. Tämän strategian keskeisenä ytimenä on tyypillisesti myydä merkittäviä osia ostettavasta yrityksestä, jotta korkeakorkoinen roskalaina voidaan maksaa pois mahdollisimman nopeasti ja uusi yrityskokonaisuus jälleenrahoittaa suotuisimmilla ehdoilla.